La délégation régionale de l'agence met notamment en œuvre ses compétences en matière de diagnostic de territoire, d'enquêtes socio-économiques agricoles et d'animation.

Mayotte a choisi de rester  un territoire français après sa séparation avec les trois autres îles de l’archipel des Comores. Ce choix implique la juxtaposition du droit coutumier et du droit commun.
Après une période où  l’occupation foncière sur l’ensemble de son territoire était restée opaque, le 3 septembre 1996, le conseil général de Mayotte a pris une délibération pour régulariser, dans les terrains présumés lui appartenir, l’occupation coutumière c’est-à-dire sans titre et occupés d’une manière coutumière.

Pour améliorer la performance des contrôles des aides surfaces versées aux agriculteurs au titre du premier pilier de la PAC, l'Agence de services et de paiement a largement privilégié depuis 1998 l'utilisation des nouvelles technologies et procède ainsi en 2009 essentiellement par télédétection.